Congé maladie : indemnisation réduite dans la fonction publique

La loi n°2025-127 du du 14 février 2025 de finances pour 2025 a modifié l’article L822-2 du Code général de la fonction publique afin de rapporter l’indemnisation des trois premiers mois du congé maladie du fonctionnaire à 90 % du traitement au lieu des 100 % versés jusqu’à lors aux fonctionnaires des trois versants de la fonction publique.

L’agent percevra, pour les neuf autres mois, la moitié de son traitement.

Cette nouvelle indemnisation du congé de maladie ordinaire ne s’appliquera qu’à compter du 1er mars 2025 pour les nouveaux congés à cette date, mais également pour les congés de maladie en cours et pour lesquels l’agent transmettra un certificat de prolongation à son administration après le 1er mars 2025.

Quid des primes ?

À l’État, le décret n°2010-997 du 26 août 2010 qui avait été modifié en juin 2024 afin de prévoir le versement des primes pendant un congé de longue maladie prévoit pour le congé maladie un maintien des primes en proportion du traitement. Dès lors, les primes pendant les trois premiers mois du congé de maladie sont également diminuées de 10 %.

Dès lors, le versant territorial, si la délibération de la collectivité prévoit que les primes sont versées en propor­tion du traitement, alors le régime indemnitaire se trouve également impacté par cette diminution de 10 %.

Quid des contractuels ?

Le Décret n° 2025-197 du 27 février 2025 relatif aux règles de rémunération de certains agents publics placés en congé de maladie ordinaire ou en congé de maladie prévoit la même rémunération pour les agents contractuels des trois versants, à 90 % des trois premiers mois d’un congé de maladie ordinaire.

Par ailleurs, la date d’entrée en vigueur de la subrogation en matière de maladie, maternité, paternité, adoption et accidents du travail et maladies profession­nelles pour les employeurs des agents contractuels de l’État est reportée au 1er janvier 2027.

Quid des agents en temps partiel ?

Il résulte du décret n°82-1003 du 23 novembre 1982 relatif au temps partiel dans la FPH que le fonctionnaire qui bénéficie d’un congé de maladie pendant une période où il a été autorisé à assurer un service à temps par­tiel (hors temps partiel pour rai­son thérapeutique) percevra une fraction du traitement auquel il aurait eu droit s’il travaillait à temps plein.

Dès lors, un agent qui servirait en temps partiel à 50 % et qui serait placé en congé maladie ne perce­vrait que 50 % de 90 % soit 45 %.

Pour les autres versants, les dé­crets relatifs au temps partiel prévoient cette même règle et restent inchangés. (Article 4 du Décret n°82-624 du 20 juillet 1982 fixant les modalités d’ap­plication pour les fonction­naires de l’état et article 9 du Décret n° 2004-777 du 29 juillet 2004 relatif à la mise en œuvre du temps partiel dans la fonc­tion publique territoriale).

Quid de l’articulation avec le congé de longue maladie ?

L’agent qui, en cours de CMO, présenterait une demande de placement en congé de longue maladie, verra lors de l’octroi de ce dernier, son traitement com­plété pour revenir à 100 % les 12 mois de congé de longue mala­die. Les primes versées à l’agent pendant le congé de maladie or­dinaire restent acquises à l’agent.

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Et le personnel médical ?

Les praticiens hospitaliers, prati­ciens contractuels et assistants (y compris associés) sont également concernés par cette mesure qui impacte également leurs primes.

CMO (Congé Maladie Ordinaire) :

✔️ Maintien à 90 % pendant 3 mois de :

• La Prime d’Exercice Territorial (PET).
• L’indemnité sectorielle.

❌ Aucun maintien de la PST (Prime de Service Territorial).

✔️ Maintien à 90 % de la Prime d’Engagement de Service Public pendant 3 mois par engagement.

CLM/CLD (Congé Longue Ma­ladie/Longue Durée) :

✔️ Maintien à 100 % pendant 3 mois de :

• La PET.
• L’indemnité sectorielle.

❌ Pas de maintien de la PST.

✔️ Maintien à 100 % de la Prime d’Engagement de Service Public pendant 3 mois par engagement.