Le régime du congé de maladie ordinaire applicable aux fonctionnaires

Quelle est la durée d’un congé de maladie ordinaire ?

Conformément aux dispositions de l’article L. 822-2 du CGFP, un fonctionnaire a droit à un ou plusieurs congés de maladie ordinaire, dans la limite d’un an au cours des douze derniers mois.

Pour l’application de ces dispositions, le Conseil d’Etat indique que « la période de douze mois consécutifs doit s’entendre des douze mois précédant immédiatement la date à laquelle la situation de l’agent est appréciée, sans qu’il y ait lieu de la prolonger pour tenir compte des périodes, comprises dans ces douze mois, pendant lesquelles l’agent s’est trouvé dans une position excluant qu’il effectue son service et qu’il perçoive une rémunération » (1).

A noter, par ailleurs que la réglementation ne fixe pas de durée minimale pour un congé de maladie ordinaire. A titre d’exemple, une circulaire du 13 mars 2006 (2) indique que les absences d’un fonctionnaire qui suit un traitement médical périodique (l’hémodialyse, notamment) peuvent notamment être décomptées, au besoin par demi-journées, sur ses droits à congé de maladie ordinaire.

Quelles règles particulières s’applique s’agissant d’une cure thermale préventive ?

L’octroi d’un congé de maladie, à titre préventif, pour suivre une cure thermale, est possible à la seule condition que le fonctionnaire soit atteint d’une maladie dûment constatée le mettant dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions si le traitement adéquat n’était pas effectué en temps utile.
Pour le choix de la période à laquelle la cure doit être effectuée, il appartient à l’administration de tenir compte, sauf urgence, des nécessités de service. Le refus d’octroi d’un congé maladie pour suivre une cure au seul motif que l’agent n’est actuellement pas dans l’incapacité d’exercer ses fonctions est illégal (3). En outre, le fonctionnaire doit obtenir l’accord de la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) pour le remboursement des prestations de soins.

Quelle est la procédure d’octroi d’un congé de maladie ordinaire ?

La décision d’octroi d’un CMO appartient à l’administration. Aussi, afin d’être placé en congé de maladie ordinaire, l’agent doit-il adresser à celle-ci, au plus tard dans un délai de 48 heures, un certificat médical indiquant la durée probable de l’incapacité de travail, établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme (4).

L’absence de transmission de l’avis d’arrêt de travail dans ce délai peut donner lieu à sanction.

Par ailleurs, les conséquences d’une transmission hors délai sont les suivantes :

à la première transmission hors délai, l’administration doit informer par courrier l’agent du retard constaté et de la réduction de la rémunération à laquelle il s’expose en cas de réitération d’un envoi tardif dans les deux années suivant la date d’établissement du premier arrêt de travail ;
en cas de récidive dans ce délai de deux ans, le montant de la rémunération afférente à la période écoulée entre la date d’établissement de l’avis d’interruption de travail et la date d’envoi de celui-ci à l’administration est réduit de moitié, sauf si l’intéressé justifie d’une hospitalisation ou, dans les huit jours suivant l’établissement de l’arrêt, de son impossibilité d’envoyer celui-ci dans les délais prescrits.

La réduction est appliquée sur le traitement indiciaire brut ainsi que sur les primes et indemnités perçues.

La prolongation du congé s’effectue selon les mêmes modalités indiquées ci-dessus avec la simple exigence de production d’un certificat médical dans un délai de 48 heures, tant que l’agent n’atteint pas douze mois consécutifs de CMO.

Un agent peut-il être placé d’office en congé maladie ?

Aucune disposition ne prévoit expressément la possibilité de placement d’office CMO. Pour autant, aucune disposition, non plus, ne subordonne le placement en congé à une demande du fonctionnaire. Aussi le Conseil d’Etat avait-il reconnu à l’administration la possibilité de provoquer un examen médical du fonctionnaire par un médecin assermenté, de saisir le comité [devenu conseil] médical compétent, puis de placer d’office l’intéressé, au vu de ces avis médicaux, en CMO (5).

Ainsi, le constat d’une maladie mettant le fonctionnaire dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions et nécessitant son placement en CMO peut en effet être effectué, sans demande de l’agent, par un médecin agréé. Mais, si l’intéressé conteste ces conclusions médicales et se présente à son service afin d’exercer ses fonctions, l’administration doit saisir le conseil médical et, en attendant sa réunion, accueillir l’agent dans le service (6).

L’administration peut-elle faire procéder à un contrôle médical ?

Durant la période de CMO, l’administration peut à tout moment faire procéder à une visite de contrôle du fonctionnaire par un médecin agréé.

Par ailleurs, une visite de contrôle doit avoir lieu au moins une fois au-delà de six mois consécutifs de congé de maladie. L’agent qui fait l’objet d’une visite de contrôle doit avoir été prévenu de façon certaine, par courrier recommandé avec avis de réception. Il doit se soumettre à la visite du médecin agréé sous peine d’interruption du versement de sa rémunération jusqu’à ce que cette visite soit effectuée.

En cas de contestation des conclusions du médecin agréé, le conseil médical peut être saisi soit par l’administration, soit par l’agent lui-même.

Par ailleurs, l’agent qui se soustrait à un contrôle médical ou qui refuse de se soumettre aux suites données par l’administration peut faire l’objet d’une procédure disciplinaire, d’une interruption de rémunération ou, dans certain cas, d’une procédure de radiation des cadres.

Quelles règles s’appliquent en matière de rémunération durant le congé de maladie ordinaire ?

En premier lieu, depuis le 1^er janvier 2018, un délai de carence s’applique au CMO, ainsi, le fonctionnaire ne perçoit pas sa rémunération au titre du premier jour de maladie ordinaire (7).

Toutefois, le délai de carence ne s’applique pas dans les cas suivants :

au congé de maladie accordé postérieurement à la déclaration de grossesse et avant le début du congé de maternité ;
au premier congé de maladie intervenant pendant une période de treize semaines à compter du décès d’un enfant de l’agent âgé de moins de 25 ans ou d’une personne âgée de moins de 25 ans dont l’agent a la charge effective et permanente ;
au congé de maladie faisant suite à une interruption spontanée de grossesse ayant eu lieu avant la 22^ème semaine d’aménorrhée ou à une interruption de grossesse pratiquée pour motif médical ;
lorsque la maladie est contractée en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public (8) ;
lorsque la période de reprise du travail entre deux congés de maladie n’a pas excédé 48 heures, si le congé est accordé au titre de la même cause ;
au congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) ;
au congé de longue maladie, au congé de longue durée et au congé de grave maladie.

Par ailleurs, lorsque l’arrêt de travail est en rapport avec une affection longue durée (ALD), le délai de carence ne s’applique qu’une seule fois par période de trois ans débutant à compter du premier arrêt au titre de cette ALD.

En outre, depuis le 1^er mars 2025 le fonctionnaire placé en CMO, (9) ne perçoit plus que :

90 % de son traitement pendant trois mois, puis un demi-traitement durant les neuf mois suivants ;
la totalité du supplément familial de traitement (SFT) et de l’indemnité de résidence durant tout le congé ;
la nouvelle bonification indiciaire (NBI) dans les mêmes proportions que le traitement : elle est donc versée à hauteur de 90 % pendant les trois premiers mois, puis de 50 % dans les neuf mois suivants. Il en est de même pour le complément de traitement indiciaire et l’indemnité compensatrice de la hausse de la CSG.

S’agissant du régime indemnitaire des fonctionnaires territoriaux, les conditions de sa modulation pendant un congé de maladie sont définies par délibération. En application du principe de parité, celles-ci ne doivent toutefois pas être plus favorables que celles applicables aux fonctionnaires de l’Etat. Or, pour ces derniers, il est expressément prévu qu’en cas de CMO, « le bénéfice des primes et indemnités (…) est maintenu dans les mêmes proportions que le traitement ».

Enfin, pour déterminer si l’agent a droit à 90% du traitement ou au demi-traitement, l’administration doit étudier, au jour le jour, les droits qu’il a déjà utilisés sur une période de référence « glissante » d’une année calendaire. Ainsi, le fonctionnaire a droit à 90% de son traitement s’il n’a pas déjà bénéficié, durant une période d’un an précédant la date à laquelle sa situation est étudiée, de trois mois de CMO à 90 % de son traitement. Si ledit fonctionnaire a déjà bénéficié, de manière continue ou discontinue, d’au moins trois mois de CMO à 90% de son traitement sur la période de référence d’un an, il ne peut percevoir qu’un demi-traitement.

Toutefois, lorsque le fonctionnaire, relevant du régime spécial, est à demi-traitement durant son CMO, il a droit, si la rémunération statutaire qui lui est maintenue est moins avantageuse que les indemnités journalières de maladie qu’offre à situation équivalente le régime général, à une « indemnité différentielle » ou « indemnité de coordination ».

Quant au fonctionnaire qui relève du régime général, ce dernier verse des indemnités journalières de maladie qui viennent, selon le cas, en déduction ou en complément de la rémunération statutaire.

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Quelle est la situation du fonctionnaire à l’issue d’un congé de maladie ordinaire ?

Si le fonctionnaire est physiquement apte à l’issue d’une période de CMO, il est autorisé à reprendre ses fonctions, son emploi ne pouvant être considéré comme vacant.

Lorsque le fonctionnaire a bénéficié de congés de maladie d’une durée totale de douze mois durant une période de douze mois consécutifs, il ne peut reprendre son service à l’expiration de sa dernière période de congé sans l’avis favorable du conseil médical réuni en formation restreinte.

En outre, l’emploi proposé au fonctionnaire doit être compatible avec l’état de santé. La reprise de fonctions pourra donc s’effectuer en raison de l’état de santé de l’agent, dans le cadre d’un aménagement de poste ou encore d’un reclassement dans un autre emploi, un autre grade ou un autre corps ou cadre d’emplois.

Par ailleurs, le fonctionnaire est tenu de se conformer aux décisions prises par l’administration conformément aux prescriptions médicales. Le refus de rejoindre un poste compatible avec son état de santé peut, dans certains cas, justifier l’engagement d’une procédure d’abandon de poste.

Si le fonctionnaire refuse, sans motif valable lié à son état de santé, le poste qui lui est assigné à l’expiration de son congé, il peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire (CAP).

A l’épuisement de ses droits à CMO, le fonctionnaire déclaré apte doit donc reprendre ses fonctions, sauf s’il présente un motif valable lié à son état de santé. La circonstance qu’il ait contesté son avis d’aptitude à la reprise ne fait pas obstacle à ce qu’il soit placé provisoirement, et sous réserve d’une décision de régularisation ultérieure, en disponibilité d’office. Lorsque l’aptitude à la reprise est confirmée par l’instance médicale, l’agent doit reprendre le service sur le poste qui lui a été assigné. Son refus, sans motif valable lié à son état de santé, l’expose à un licenciement.

En outre, après un CMO, un fonctionnaire peut être autorisé à reprendre ses fonctions à temps partiel pour raison thérapeutique. Cette autorisation est accordée et, le cas échéant, renouvelée pour une période d’un à trois mois, dans la limite d’une année. Ce droit est reconstitué après un délai d’un an (10).

En cas d’avis défavorable du conseil médical, réuni en formation restreinte, à la reprise après douze mois consécutifs de CMO, si le fonctionnaire, relevant du régime spécial ne bénéficie pas d’une période de préparation au reclassement (PPR), il est :

soit placé en disponibilité d’office ;
soit reclassé dans un autre emploi ;
soit, s’il est reconnu définitivement inapte à l’exercice de tout emploi, admis à la retraite après avis du conseil médical réuni en formation plénière.

Il peut aussi être placé, s’il remplit les conditions exigées, en congé de longue maladie ou en congé de longue durée.

S’agissant des fonctionnaires titulaires relevant du régime général, en cas d’inaptitude à la reprise de leurs fonctions à l’expiration de leurs droits à CMO, ils peuvent être placés en congé de grave maladie, après consultation du conseil médical,
Sans quoi, ils peuvent être placés en disponibilité pour inaptitude physique.

Si l’inaptitude physique est définitive :

ils peuvent être reclassés ;
si ce n’est pas possible, ils sont licenciés.

A noter la retraite anticipée pour invalidité n’est pas prévue par le régime général.

Enfin, s’agissant d’un fonctionnaire stagiaire, en cas d’inaptitude temporaire à la reprise à l’expiration de ses droits à CMO, il peut, si l’affection dont il souffre remplit les conditions exigées, être placé :

en congé de longue maladie ou en congé de longue durée, s’il relève du régime spécial ;
en congé de grave maladie, s’il relève du régime général.

Sans quoi, il peut bénéficier d’un congé sans traitement.

Toutefois, si l’inaptitude physique est définitive à l’expiration des droits à CMO, le fonctionnaire stagiaire est licencié.

A noter que sont inapplicables aux fonctionnaires stagiaires, qu’ils relèvent du régime spécial ou du régime général :

la position de disponibilité, laquelle est réservée aux seuls fonctionnaires titulaires ;
la retraite anticipée pour invalidité.

Lorsque le fonctionnaire se trouve, à l’expiration de douze mois consécutifs de congé, dans l’attente d’une décision, le paiement du demi-traitement doit être maintenu, le cas échéant, jusqu’à la date de décision de reprise de service, de reclassement, de mise en disponibilité ou d’admission à la retraite.

A noter que le maintien du demi-traitement ne présente pas un caractère provisoire et reste acquis à l’agent alors même que celui-ci a été placé rétroactivement dans une position statutaire n’ouvrant pas par elle-même droit au versement d’un demi-traitement (11).

Une lettre-circulaire du 5 décembre 2011 (12) du ministère de la Fonction publique est venue apporter les précisions suivantes :

le dispositif de maintien du demi-traitement n’a vocation à s’appliquer que dans les situations exceptionnelles de dysfonctionnement, qui se traduisent essentiellement par des retards dans l’examen des dossiers ;
la décision administrative plaçant le fonctionnaire dans une situation régulière, qui interviendra à l’issue de la procédure, devra être rétroactive.

Références :

CE, 8 février 1995, Centre hospitalier Marc-Jacquet, requêtes n° 114987, 133063, et 133608 ;
Circulaire du 13 mars 2006, relative à la protection sociale des fonctionnaires territoriaux nommés dans des emplois permanents à temps complet ou à temps non complet contre les risques maladie et accidents de service(point 9.2.) ;
CE, 24 janvier 1992, Centre hospitalier d’Aix-en-Provence c/ Mme D., requête n° 82875 ;
Article L. 822-5 du CGFP ;
CE, 27 mars 1987, requête n° 53191 ;
CAA Bordeaux, 17 mais 2005, Centre hospitalier départemental Félix Guyon, requête n° 02BX01183 ;
Article 115 de la loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017 de finances pour 2018 ;
Article L. 822-4 du CGFP ;
Ce nouveau régime, applicable aux CMO attribués à compter du 1^er mars 2025, a été créé par l’article 189-V de la loi n° 2025-127 du 14 février 2025, de finances pour 2025, modifiant
l’article L. 822-3 du CGFP. Il est précisé par les décrets n° 2025-197 du 27 février 2025, relatif aux règles de rémunération de certains agents publics placés en congé de maladie ordinaire ou en congé de maladie ; et n° 2025-198 du 27 février 2025, relatif à la rémunération maintenue en congé de maladie pour certains agents publics (publiés au JO du 28 février 2025) ;
Articles L. 823-1 et suivants du CGFP ;
CE, 9 novembre 2018, Commune du Perreux-sur-Marne, requête n° 412684 ;
Lettre-circulaire du 5 décembre 2011, relative à l’extension du bénéfice du demi-traitement à l’expiration des droits statutaires à congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée des agents de la fonction publique de l’Etat, de la fonction publique territoriale et de la fonction publique hospitalière.